WondLa suit Eva, une adolescente curieuse, enthousiaste et pleine de vie, élevée dans un bunker souterrain ultramoderne par Muthr, un robot-gardien. Le jour de ses 16 ans, une attaque sur le bunker d'Eva la force à sortir à la surface de la Terre, désormais habitée par des extraterrestres et recouverte d'une faune d'un autre monde. Il n'y a plus aucun humain à trouver. En fait, la Terre ne s'appelle plus ainsi, mais Orbona. Otto, un adorable tardigrade géant avec qui Eva partage des pouvoirs télépathiques, et Rovender, un extraterrestre grincheux au passé trouble, rejoignent Eva alors qu'elle mène l'équipe dans une quête périlleuse pour retrouver les humains, son foyer et sa véritable destinée.