Leo, Donnie, Raph et Mikey sont des tortues mutants qui ont été formées à l'art du ninjutsu par leur maître rat, Maître Splinter. Émergeant de leur repaire dans les égouts, les frères reptiles affrontent le monde merveilleux de New York, faisant face à des vilains plus dangereux et à des pizzas plus délicieuses que tout ce qu'ils auraient pu imaginer. À travers des combats contre Shredder, les Kraang et une multitude de mutants surpuissants, les Tortues apprennent à compter sur elles-mêmes et les unes sur les autres alors qu'elles grandissent pour devenir les héros qu'elles sont destinées à être.