Se déroulant dans le Berlin d'aujourd'hui, Spides suit Nora, une jeune femme qui sort d'un coma sans aucun souvenir de sa vie passée après avoir pris une drogue mystérieuse ; le détective de police local David Leonhart et sa partenaire Nique Navar traquent cette drogue en lien avec des dizaines d'adolescents disparus. Lorsque Nora entreprend de découvrir ce qui lui est arrivé, elle commence à dénouer une conspiration d'extraterrestres qui utilisent une drogue synthétique pour s'infiltrer chez les humains afin de les utiliser comme corps hôtes. Plus Nora découvre de vérités, plus son propre sombre secret est révélé : elle est la clé de l'invasion qu'elle combat.