Après que son navire marchand hollandais, l'Erasmus, et son équipage survivant aient été échoués par une violente tempête à Injiro, sur la côte est du Japon, le pilote-major John Blackthorne, navigateur anglais du navire, est fait prisonnier par des guerriers samouraïs. Lorsqu'il est ensuite libéré temporairement, il doit jongler entre son identité d'Anglais associé à d'autres Européens au Japon, notamment des marchands portugais et des prêtres jésuites, et la culture japonaise étrangère dans laquelle il a été plongé et à laquelle il doit maintenant s'adapter pour survivre. En tant qu'Anglais, Blackthorne est en désaccord, tant sur le plan religieux que politique, avec son ennemi, les Portugais, et l'ordre jésuite de l'Église catholique. L'emprise catholique au Japon place Blackthorne, protestant et donc hérétique, dans une position politique désavantageuse. Mais cette même situation attire également l'attention de l'influent Seigneur Toranaga, qui se méfie de cette religion étrangère qui se répand au Japon. Il est en compétition avec d'autres seigneurs de guerre samouraïs de rang noble similaire, parmi lesquels des convertis catholiques, pour le poste très puissant de Shogun, le gouverneur militaire du Japon.