Rubicon est un thriller conspirationniste situé dans une agence de renseignement gouvernementale basée à New York, l'API, où rien n'est ce qu'il semble. La série se concentre sur un analyste en difficulté, Will Travers, qui, confronté à une tragédie choquante, commence à découvrir des indices pointant vers une conspiration complexe et sinistre.