En 1999, un vaisseau extraterrestre s'écrase sur l'île de South Atalia. Les humains réalisent alors qu'ils ne sont pas seuls dans l'espace. Dix ans plus tard, le vaisseau a été reconstruit et nommé SDF-1 Macross. Cependant, le jour de son décollage, une espèce appelée les Zentraedi arrive sur Terre, déclenchant la guerre entre l'UN Spacy et les Zentraedi qui changera à jamais l'histoire de ces deux espèces.