Dans un monde où le temps s'écoule au ralenti et où le sang de votre voisin coule bleu, Ayato Kamina, un lycéen de 17 ans, mène sa vie quotidienne à Tokyo Jupiter, ignorant le monde qui l'entoure, ayant été éduqué dans le fait que toute civilisation, à l'exception de Tokyo, a été détruite. Mais tout cela change lorsque la mystérieuse civilisation "MU" envahit son foyer, déversant la destruction du ciel sous la forme d'étranges monstres appelés Dolems. Les événements qui suivent mèneront Ayato à la mystérieuse femme nommée Reika Mishima, à la vérité de leur existence, à la découverte de ce qu'il est et de qui il est, et au puissant robot angélique RahXephon.