Se déroulant en l'an 2199, Pandora suit une jeune femme débrouillarde qui a tout perdu mais trouve une nouvelle vie à l'Académie d'entraînement spatial de la Terre, où elle et ses amis apprennent à défendre la galaxie contre des menaces, tant extraterrestres qu'humaines. Lorsque des secrets sur la nature de sa propre identité commencent à refaire surface, elle doit découvrir la vérité, et déterminer si elle sera le sauveur de l'humanité ou l'instrument de sa destruction.