Dans un futur proche du Japon, des monstres grotesques appelés "Mushi" apparaissent. Ils infectent les gens, leur conférant des pouvoirs surnaturels. Les "Mushitsuki", les hôtes des Mushi, sont craints, haïs et abandonnés par la société... ou ils sont tués par les Mushi. Au milieu de tout cela, le lycéen Kusuriya Daisuke rencontre une fille sur le chemin de l'école où il vient d'être transféré. D'une manière ou d'une autre, lui et la fille, Anmoto Shiika, qui se tient là au passage à niveau, se sentent attirés l'un par l'autre. Comme s'ils reconnaissaient en l'autre ce qui leur manque, leur relation s'approfondit rapidement. Cependant, Shiika est une fugitive de GARDEN, un asile secret pour Mushitsuki. Tokkan, ou l'Agence Spéciale de Préservation de l'Environnement, responsable de la recherche des Mushitsuki et de leur enfermement dans l'asile, ordonne à Kakko, leur meilleur agent et le plus puissant des Mushitsuki, de les traquer.