Dans le pays de Gazth-Sonika, la guerre civile fait rage. Là, une mercenaire nommée Madlax exerce son métier avec une habileté presque surnaturelle. Dans le pays apparemment paisible de Nafrece, Margaret Burton mène une vie tranquille. Aussi séparées que puissent sembler leurs vies, les deux femmes sont liées par des liens de mystère, et par un livre sacré également recherché par l'organisation ombreuse, Anfan. Alors que Margaret et Madlax suivent le chemin de leur destin, elles se rapprochent de plus en plus de la vérité - sans garantie que ce soit une vérité qu'elles puissent supporter d'apprendre.