Dans un univers futuriste, l'humanité a mené une guerre contre une race de géants connus sous le nom de Zentradi. Face à l'extinction aux mains de leurs ennemis, l'humanité s'est échappée vers les étoiles. En l'an 2059, la 25ème flotte d'immigration géante, également connue sous le nom de Macross Frontier, entreprend son voyage vers le centre de la galaxie. Pour la plupart, la vie sur la Macross Frontier se déroule normalement. Mais lorsque la célèbre chanteuse Sheryl Nome rend visite, les choses dérapent. De mystérieux aliens biomécaniques appelés Vajra apparaissent et attaquent, alors que les citoyens sont occupés à s'agiter autour de Sheryl. Le pilote de mécha étudiant de 17 ans, Alto Saotome, rejoint la mêlée contre la menace extraterrestre. Tout en combattant un Vajra, Alto sauve une jeune fille nommée Ranka Lee. Le Major Ozma Lee note l'habileté d'Alto lors de son combat et le recrute dans le programme des Services Militaires Stratégiques. Mais son recrutement ne se déroule pas sans heurts, car les fantômes du passé d'Alto reviennent le hanter.