Le jeune Aoyagi Ritsuka, âgé de douze ans, a perdu son unique parent lorsque son frère, Aoyagi Seimei, a été tué dans des circonstances mystérieuses. Un jour, il rencontre Wagatsuma Soubi, qui prétend connaître son frère. Il s'avère que Soubi et Seimei formaient un duo de combattants, Soubi étant la "Machine de Combat" et Seimei le "Sacrifice". Maintenant que Seimei n'est plus, Soubi 'appartient' à Ritsuka, qui deviendra son nouveau "Sacrifice". Apprenant que Seimei a été tué par une organisation connue sous le nom de "Septième Lune", Ritsuka décide de s'allier à Soubi et d'enquêter sur la vérité derrière la mort de son frère.