Kobato est une fille douce, enjouée, mignonne mais naïve qui a un contrat : pour se rendre à un certain endroit, elle doit remplir une mystérieuse bouteille avec les "cœurs guéris" des gens. Cependant, la contrainte est qu'elle doit terminer avant la fin des quatre saisons. Alors que Kobato tente de remplir sa mission, elle est accompagnée d'Ioryogi, un esprit sous la forme d'une peluche de chien. Parce qu'Ioryogi est responsable d'une punition qui a été appliquée à lui et à ses amis du monde spirituel, il doit guider Kobato et s'assurer qu'elle réussisse sa mission, afin qu'il et ses amis puissent retrouver leurs véritables formes.