Invader ZIM est un soldat extraterrestre excentrique venu de la planète Irk. Il a été banni de l'Empire Irkien après avoir presque détruit sa planète d'origine lors d'une mission précoce. Après avoir supplié ses supérieurs, les Tout-Puissants Rouge et Violet, de lui donner une seconde chance, ils décident de se débarrasser de lui une bonne fois pour toutes. Ils le trompent en lui faisant croire qu'il part en "mission secrète" vers une planète obscure à la lisière de l'univers, une planète au nom peu probable : Terre, dans l'espoir qu'il meure en chemin. Mais leur stratagème se retourne contre eux lorsque ZIM atteint la Terre sain et sauf et commence son invasion tout en subtilité. Il se déguise en écolier, et maintenant, la seule personne capable de l'arrêter est un gamin - Dib, un chercheur paranormal quelque peu fou, qui voit à travers le déguisement de ZIM et est déterminé à mettre fin à son règne de "terreur". Le seul problème, c'est qu'aucun des deux n'est vraiment doué pour arrêter l'autre.