Phineas et Ferb sont Phineas Flynn et son demi-frère, Ferb Fletcher, qui sont déterminés à rendre chaque jour de leurs vacances d'été amusant. Ils essaient de construire des montagnes russes à l'échelle, de devenir musiciens, de créer une plage dans leur jardin et de voyager dans le temps pour rencontrer des dinosaures. Leur animal de compagnie, Perry l'ornithorynque, est également un agent secret qui lutte contre le mal. Pendant ce temps, leur sœur aînée Candace les dénonce à Maman et Papa, bien qu'elle ne parvienne jamais à les surprendre en flagrant délit.