Inukami! tourne autour de Keita Kawahira, un descendant d'un clan de dompteurs d'Inukami, considéré comme un échec par le clan en raison de son attitude envers son devoir. Les Inukami, littéralement "dieu chien", sont des créatures bienveillantes qui possèdent des pouvoirs spirituels. Ce sont une sorte de démon ayant l'apparence d'un chien qui peut se transformer en forme humaine. Avec un partenaire du clan historique de dompteurs d'Inukami, ils agissent pour anéantir le mal et promouvoir la droiture. Keita est d'abord incapable de trouver un Inukami avec qui se lier, mais finalement, une belle Inukami nommée Yoko décide de devenir son Inukami, ce qui rend Keita fou de joie. Cependant, sa joie est de courte durée lorsqu'il découvre qu'elle est une Inukami très problématique et incontrôlable. À partir de ce moment, la vie de Keita devient remplie d'embarras sans fin.