« Hundred » – c'est la seule arme capable de s'opposer à la mystérieuse forme de vie « Savage » qui menace la Terre. Le protagoniste, Kirasagi Hayato, aspire à devenir un Maître d'Arts Martiaux en utilisant ce Hundred. Il parvient à intégrer l'université-cuirassé Little Garden. Cependant… « Je voulais te voir, Hayato !!! » « C-Comment connais-tu mon nom ? » Autour de sa colocataire, Emil Crossford, qui semble le connaître étrangement bien (?), Hayato ressent un malaise. De plus, juste après la cérémonie d'ouverture, il est défié en duel par la plus forte maître d'arts martiaux de l'académie, la « Queen » Claire Harvey… !? L'ultime bataille académique commence ici !