L'Extrême-Orient, 2071. Le domaine des dieux fous. Au début des années 2050, des formes de vie inconnues appelées "cellules Oracle" commencent leur consommation incontrôlée de toute vie sur Terre. Leur appétit vorace et leur remarquable capacité d'adaptation leur valent d'abord la peur, puis l'émerveillement, et enfin le nom d'"aragami". Face à un ennemi complètement immunisé contre les armes conventionnelles, la civilisation urbaine s'effondre, et chaque jour, l'humanité est poussée un peu plus vers l'extinction. Un seul rayon d'espoir demeure pour l'humanité. Suite au développement des "God Arcs"—des armes vivantes qui intègrent des cellules Oracle—leurs utilisateurs sont organisés en une force d'élite. Dans un monde ravagé par des dieux fous, ces "God Eaters" mènent une guerre désespérée.