L'histoire se déroule au Japon au début de l'été 2015. 180 000 personnes vivent à Tachikawa, la "seconde métropole" de la région de Tokyo. Parmi elles se trouvent les "Gatchaman" – des guerriers qui combattent dans des combinaisons renforcées spéciales alimentées par des "NOTE", la manifestation de pouvoirs spirituels spéciaux chez les êtres vivants. Un conseil a recruté un groupe d'individus aux pouvoirs latents pour protéger la Terre des criminels extraterrestres. Ces dernières années, le conseil a assigné des guerriers Gatchaman pour faire face à l'entité mystérieuse connue sous le nom de "MESS".