Kaname Chidori est une adolescente ordinaire dans le Japon moderne. Du moins, c'est ce qu'elle pensait avant qu'un garçon nommé Souske Sagara ne commence à la suivre partout, agissant comme un véritable paranoïaque militaire ! Les choses commencent à s'éclaircir lorsque son voyage scolaire est détourné et emmené en Corée du Nord, où Kaname est kidnappée et informée qu'elle est une Whispered. Les Whispered sont des anomalies génétiques, des êtres nés avec d'énormes quantités de connaissances incroyablement avancées en mathématiques, sciences et technologies. Souske vient à son secours, révélant qu'il est un spécialiste entraîné de l'organisation militaire secrète MITHRIL, jurée de protéger le monde et de garder les Whispered à l'abri des terroristes. Maintenant, avec la connaissance de ce qu'elle est et de ce que Souske a été envoyé faire, pourra-t-elle traverser le lycée en un seul morceau ?