Vers la fin du 19ème siècle, Allen Walker rejoint officiellement l'organisation des Exorcistes qui détruisent les êtres connus sous le nom d'Akuma ; des armes mécaniques créées par le Comte Millénaire avec les âmes souffrantes des morts. Allen possède à la fois un œil maudit et une arme anti-Akuma en guise de bras, portant le pouvoir de "l'Innocence", un don qui lui a été accordé en tant qu'apôtre de Dieu. Allen, avec ses camarades Exorcistes, doit mettre un terme au complot ultime du Comte Millénaire qui pourrait conduire à la destruction du monde et de tous ceux qui y vivent.