Barkskins se déroule à Wobik, une petite colonie dans ce qui est aujourd'hui la province canadienne de Québec. Alors que l'Église catholique envoie des prêtres jésuites pour convertir les peuples autochtones, la France envoie des engagés pour peupler son territoire, ainsi que des "Filles du Roi", de jeunes femmes destinées à être mariées, à fonder des familles et à aider les colonies à prospérer. Ce groupe hétéroclite de parias, de vauriens et d'innocents doit naviguer à travers de rudes épreuves, des intérêts divergents et des loyautés complexes au carrefour de la civilisation : la Nouvelle-France des années 1690.