Los Headmasters comienza con Galvatron liderando una nueva camada de Destrons para librar la guerra contra Seibertron, los Headmasters Destron. Los Cybertrons son rescatados por la llegada de los Headmasters Cybertron, liderados por Fortress (Cerebros, la cabeza de Fortress Maximus). Se revela que Fortress abandonó Seibertron hace millones de años en busca de energía, y finalmente ha logrado regresar a casa. Explica que los Headmasters provienen de un planeta llamado Master; los robots del tamaño de humanos que viven allí se construyeron cuerpos del tamaño de Transformers.