Muy lejos en el universo, una feroz batalla se libra en el distante planeta Cybertron. Allí, los heroicos Autobots y los malvados Decepticons chocan por un conjunto de robots llamados Mini-Cons, cuyo poder puede mejorar las habilidades de un Transformer en la batalla. Al darse cuenta de que la batalla por los Mini-Cons estaba resultando demasiado costosa, los Transformers enviaron a los Mini-Cons lejos de Cybertron en una gran nave, pero cuando la nave se estrella en un planeta remoto, desencadena una cadena de eventos que finalmente conduce a que la acalorada rivalidad entre los Autobots y los Decepticons se contienda en la Tierra. Una vez en la Tierra, la batalla por los Mini-Cons comienza de nuevo, con los Autobots ganando nuevos aliados humanos en su búsqueda para localizar todas las valiosas "herramientas inteligentes" antes de que los Decepticons puedan usar su poder para lograr el dominio sobre la galaxia... pero mientras la batalla arrecia, un mal mayor acecha en las sombras, el gigante destructor de planetas Unicron...