Strike Witches se ambienta en una versión alternativa de 1944, donde los eventos de la Segunda Guerra Mundial son muy diferentes a lo que conocemos. Invasores alienígenas conocidos como Neuroi llegaron a la Tierra en 1939. Esta no es la primera aparición de los Neuroi, ya que han aparecido a intervalos aparentemente aleatorios a lo largo de la historia humana. Si bien los Neuroi atacan principalmente a la humanidad usando aeronaves, su nave nodriza es capaz de producir un miasma mortal, un químico que es fatalmente venenoso para los humanos, obligando a las poblaciones de las áreas afectadas a huir de sus hogares. Los Neuroi luego usan las áreas envenenadas para saquear los recursos naturales de la Tierra y usarlos contra la humanidad. Afortunadamente, el miasma no puede propagarse a través del agua, lo que convierte al océano en la principal línea de defensa de la humanidad contra los Neuroi. Dado que los humanos normales no pueden luchar en el miasma, las brujas se han convertido en la vanguardia de la defensa militar contra los Neuroi. Cada bruja es capaz de desplegar un campo defensivo a su alrededor que no solo bloquea el miasma sino que también las protege de ataques físicos. Utilizando máquinas montadas en las piernas llamadas Unidades Striker para volar al combate, las brujas usan sus habilidades mágicas para empuñar armas devastadoras demasiado grandes y torpes para una persona normal. La serie sigue las batallas libradas por el 501º Ala de Cazas Conjunta, que lucha en el frente para defender las Islas Británicas de los Neuroi. ¿Podrá la humanidad recuperar la Tierra y traer la paz a su hogar? ¡Descúbrelo en Strike Witches!