Stargate Universe sigue a un grupo de soldados, científicos y civiles que deben valerse por sí mismos cuando son forzados a través de un Stargate al ser atacada su base oculta. Los desesperados sobrevivientes emergen a bordo de una antigua nave, que está bloqueada en un curso desconocido e incapaz de regresar a la Tierra. Enfrentados a satisfacer las necesidades más básicas de comida, agua y aire, el grupo debe desbloquear los secretos del Stargate de la nave para sobrevivir. El peligro, la aventura y la esperanza que encuentran a bordo del Destiny revelarán a los héroes y villanos entre ellos.