En 1999, una nave alienígena se estrella en la Isla South Atalia. Los humanos entonces descubren que no están solos en el espacio. Diez años después, la nave ha sido reconstruida y nombrada SDF-1 Macross. Sin embargo, el día de su despegue, una especie llamada los Zentraedi llega a la Tierra, comenzando la guerra entre la UN Spacy y los Zentraedi que cambiará para siempre la historia de estas dos especies.