En un mundo donde el tiempo pasa a paso de tortuga y la sangre de tu vecino corre azul, el estudiante de secundaria de 17 años Ayato Kamina lleva su vida diaria en Tokyo Jupiter ajeno al mundo que lo rodea, habiendo sido educado con el hecho de que toda la civilización, excepto Tokio, ha sido destruida. Pero todo eso cambia cuando la misteriosa civilización "MU" invade su hogar, sembrando la destrucción desde el cielo en forma de extraños monstruos llamados Dolems. Los eventos que ocurren a continuación llevarán a Ayato a la misteriosa mujer llamada Reika Mishima, a la verdad de su existencia, al descubrimiento de qué y quién es, y al poderoso robot angelical RahXephon.