Prime Target presenta a Edward Brooks, un brillante estudiante de posgrado en matemáticas, al borde de un gran descubrimiento. Si logra encontrar un patrón en los números primos, tendrá la llave de todas las computadoras del mundo. Pronto comienza a darse cuenta de que un enemigo invisible intenta destruir su idea antes de que nazca, lo que lo arroja a la órbita de Taylah Sanders, una agente de la NSA encargada de vigilar e informar sobre el comportamiento del matemático. Juntos, comienzan a desentrañar la preocupante conspiración en el centro de la cual se encuentra Edward.