Kaito, un estudiante de primer año de secundaria amante de los acertijos, es seleccionado como candidato para "Phi Brain". Él y su amiga Nonoha encuentran un "acertijo irresoluble" cerca de su escuela. El acertijo resulta ser un "acertijo filosófico" que amenaza la vida, creado por el misterioso grupo P.O.G. (Puzzle Of God). Después de resolver con éxito el acertijo, Kaito es designado como Solver y se le unen otros Solvers mientras luchan contra P.O.G. en todo el mundo resolviendo los "acertijos filosóficos".