En primavera, cuando caen los pétalos de los cerezos, Yū Narukami se muda a Yaso Inaba para vivir con su tío y su prima debido a las circunstancias familiares. Se transfiere a la Academia Yasogami, donde comienza su vida escolar llena de acontecimientos. Sin embargo, cuando comienzan a ocurrir asesinatos en serie en la pacífica ciudad, Yū despierta al poder de su corazón manifestado en forma física: una Persona. Dentro de estos nuevos misterios se encuentra Marie, una residente del mundo alternativo, la Habitación Velvet, que no tiene recuerdos de su pasado. Junto a sus amigos, Yū debe resolver todos los enigmas que se le presentan y salvar a Yaso Inaba de más violencia.