La Academia Waldstein es un instituto dedicado al estudio de las disciplinas paranormales, por lo que se le conoce como la Academia Oculta. Maya Kumashiro regresa a este lugar para asistir al funeral del ex director, Junichiro Kumashiro, su padre. Maya, una escéptica que odia lo oculto, conoce a Fumiaki Uchida, un agente del tiempo del futuro enviado a 1999 para evitar que sucedan las apocalípticas Profecías de Nostradamus. Las predicciones afirman que la escuela será el epicentro del cataclismo que destruirá el mundo. Deben unirse para descubrir no solo qué llevó realmente a la muerte de su padre, sino que también tienen tiempo limitado para averiguar cuál es la clave que desencadena el principio del fin.