Ninja Senshi Tobikage narra la historia de un chico llamado Joe Maya. Un día, Joe, que vive en Marte, es testigo de una batalla entre extraterrestres. Los del Planeta Zaboom están atacando a la princesa del Planeta Radorio, quien ha escapado del emperador de Zaboom, que planea conquistar el universo, y ha aterrizado de emergencia en Marte. Joe tropieza a bordo de la nave de la princesa, lo que inicia una reacción en cadena de eventos que alterarán sus vidas. Joe y sus amigos empuñan tres poderosas bestias meca contra el emperador de Zaboom y sus fuerzas, pero las probabilidades están fuertemente en su contra. Cuando toda esperanza parece perdida, un misterioso robot ninja llamado Tobikage aparece como de la nada para brindar ayuda, capaz de combinarse con las 3 bestias mecánicas, lo que otorga a Tobikage un poder inigualable. Con su ayuda, Joe lucha contra las fuerzas de Zaboom...