El año es 2015, y la mitad de la población de la Tierra está muerta, víctimas del desastre conocido como Segundo Impacto. Respondiendo a una convocatoria de su enigmático padre, Shinji Ikari, de 14 años, llega a la ciudad reconstruida de Nueva Tokio-3 justo cuando una gigantesca criatura identificada como un "Ángel" ataca. Forzado a entrar en la cabina de un gigantesco constructo bio-mecánico conocido como un Evangelion, ¡Shinji debe defender la ciudad del Ángel descontrolado o morir en el intento!