La serie se centra en Nadia, una joven de orígenes desconocidos, y Jean, un joven inventor francés. Al principio de la historia, los dos protagonistas son perseguidos por Grandis Granva, Sanson y Hanson, un grupo de ladrones de joyas que persiguen a Nadia por el colgante azul con joyas que posee. Tras ser rescatados por el Capitán Nemo y su submarino, el Super Sea Cruiser Nautilus, los ladrones de joyas y los jóvenes protagonistas unen fuerzas y participan en la lucha contra las fuerzas neo-atlantes, que buscan dominar el mundo. En el proceso, Nadia y Jean salvan al mundo de la violenta dominación de las fuerzas neo-atlantes lideradas por Gargoyle, exploran misterios mundiales y los poderes del colgante azul, descubren los lazos familiares ocultos de Nadia y, finalmente, desvelan los orígenes secretos de Nadia.