En el Japón feudal, la gente de Edo está asediada por insectos gigantes que asolan la tierra. El pueblo suplica desesperadamente al gobierno que haga algo al respecto. Así se establece la Oficina del Magistrado de Insectos, reuniendo a fuertes guerreros para defenderse de la plaga. Mushibugyou sigue a Jinbee Tsukishima, un joven que se esfuerza por ser un maestro espadachín como su padre. Para expiar un horrible incidente que ocurrió por su culpa, Jinbee busca ocupar el lugar de su padre como miembro de la Oficina del Magistrado de Insectos. En su camino hacia allí, conoce a la encantadora Haru, una joven que ayuda a administrar la casa de té de su familia, y se ve obligado a usar su espada para salvarla de un destino espantoso. Este acto de valentía le vale un puesto en el Magistrado de Insectos. ¿Podrá este exterminador novato librar a la tierra de la horda de insectos que la invade?