En un universo futurista, la humanidad libró una guerra contra una raza de gigantes conocidos como Zentradi. Enfrentada a la extinción a manos de sus enemigos, la humanidad escapó a las estrellas. En el año 2059 d.C., la 25ª flota de inmigración gigante, también conocida como Macross Frontier, emprende su viaje hacia el centro de la galaxia. En su mayor parte, la vida en Macross Frontier transcurre con normalidad. Pero cuando la famosa cantante Sheryl Nome visita, las cosas se tuercen. Misteriosos alienígenas biomecánicos conocidos como Vajra aparecen y atacan, justo cuando los ciudadanos están ocupados aclamando a Sheryl. El estudiante piloto de mechas de 17 años, Alto Saotome, se une a la lucha contra la amenaza alienígena. Mientras combate contra un Vajra, Alto rescata a una joven llamada Ranka Lee. El Mayor Ozma Lee nota la habilidad de Alto durante su batalla y lo recluta en el programa de Servicios Militares Estratégicos. Pero su reclutamiento no transcurre sin problemas, ya que los fantasmas del pasado de Alto resurgen para atormentarlo.