La historia de Kotetsushin Jeeg se desarrolla cincuenta años después de la original y presenta un nuevo elenco de personajes, principalmente el nuevo protagonista Kenji Kusanagi, un estudiante de secundaria y corredor de motos que se convierte en Kotetsushin Jeeg para luchar contra la repentina reaparición de los (Dioses Fantasmas Haniwa, o robots de arcilla) del Imperio Jamada, gobernado por la Reina Himika.