La historia se desarrolla en una ciudad ficticia de Japón llamada Sugomori City. Un día, Noriko Sonosaki le dice a su compañero de clase Katsuhira Agata: "Has sido seleccionado para ser un Kiznaiver". El Sistema Kizuna, que permite a Katsuhira compartir sus heridas, lo conecta con compañeros de clase cuyas vidas y personalidades difieren completamente de las suyas. El Sistema Kizuna es un sistema incompleto para la implementación de la paz mundial que conecta a las personas a través de las heridas. Todos los que están conectados a este sistema se llaman Kiznaivers. Cuando un Kiznaiver resulta herido, el sistema divide y transmite la herida entre los demás Kiznaivers. Sugomori City está construida sobre tierras ganadas al mar, pero con el paso de los años, la población de la ciudad está disminuyendo. La historia se ambienta en este pueblo donde viven Katsuhira y los demás.