Ambientada en el año 1937, en vísperas de la Segunda Guerra Mundial, la historia gira en torno a una misteriosa organización de entrenamiento de espías conocida como la "Agencia D". La organización es fundada por el Teniente Coronel Yuuki del Ejército Imperial Japonés. Sus ideales lo llevan a reclutar personas más allá de los graduados y el personal de la academia militar, mientras los entrena para convertirse en agentes habilidosos en las artes de la manipulación. Estos agentes se convertirían en un equipo especializado para llevar a cabo operaciones. Uno de esos agentes antihéroes, bajo el nombre de Jirou Gamou, emprende una misión desgarradora para descubrir documentos secretos titulados "Notas Negras", mientras lucha contra fuerzas internas y externas a sus propias filas.