Invader ZIM es un excéntrico soldado alienígena del planeta Irk. Fue desterrado del Imperio Irken después de casi destruir su planeta natal en una misión temprana. Tras suplicar a sus superiores, los Altísimos Rojo y Púrpura, por otra oportunidad, deciden deshacerse de él de una vez por todas. Lo engañan para que vaya a una "misión secreta" a un planeta oscuro en el borde del universo, un planeta con el improbable nombre de Tierra, con la esperanza de que muera en el camino. Pero su truco sale mal cuando ZIM llega a salvo a la Tierra y comienza su sutil conquista. Se disfraza de escolar, y ahora la única persona que puede detenerlo es un niño - Dib, un investigador paranormal algo loco, que ve a través del disfraz de ZIM y está decidido a detener su reinado de "terror". El único problema es que ninguno de los dos es muy bueno deteniendo al otro.