Un plan secreto del gobierno para desenterrar figuras históricas y clonarlas ha funcionado. Han pasado 16 años, y los clones ahora están en la escuela secundaria. Los cinco personajes principales son Abe Lincoln, un chico simpático pero ingenuo que desea a la sex symbol de la escuela, Cleopatra, quien está saliendo con el machista JFK. Además, los dos mejores amigos de Abe son Juana de Arco, una chica gótica llena de angustia que está enamorada de él, y Gandhi, un fiestero inagotable. Clone High aborda valientemente temas desafiantes de la adolescencia, como la privación del sueño, contraer TDAH por los asientos de inodoro, los males de la basura y el dolor de que el chico que te gusta no te corresponda de la misma manera. ¿Logrará Abe estar con Cleo, o será frustrado por el apuesto JFK? ¿Finalmente notará Abe a Juana? ¿Quién puede decirlo?