Area 88 se desarrolla a finales de los años 70 y principios de los 80, y transcurre en gran parte en un país de Oriente Medio sumido en la guerra llamado el Reino de Asran. La guerra utiliza pilotos de combate mercenarios, con su cuartel general en una base secreta de la fuerza aérea en el desierto llamada Área 88. El prometedor piloto de aerolínea Shin Kazama es engañado para que se aliste por su "amigo" Satoru Kanzaki. Ante la ejecución por desertar del Área 88, Shin se convierte a regañadientes en piloto de combate e intenta cumplir su contrato de tres años. El Área 88 atrae a todo tipo de personas con pasados ​​variados y a menudo sórdidos. Entre los otros mercenarios se encuentra Mick Simon, un estadounidense que no pudo adaptarse a la vida normal después de su servicio en la Guerra de Vietnam. Mick se convierte en el mejor amigo de Shin en el Área 88. Otra figura habitual en el Área 88 es McCoy, un codicioso traficante de armas que vende a los mercenarios todo lo que necesitan, desde papel higiénico hasta el plan...