Treadstone beleuchtet die Entstehungsgeschichte und die gegenwärtigen Aktionen eines geheimen CIA-Programms namens Treadstone – einer verdeckten Operation, die Verhaltensmodifikationsprotokolle nutzt, um ihre Agenten in nahezu unaufhaltsame übermenschliche Attentäter zu verwandeln. Die Serie begleitet Schläferagenten auf der ganzen Welt, die auf mysteriöse Weise "erweckt" werden, um ihre tödlichen Missionen wieder aufzunehmen.