Die Handlung spielt zeitlich nach den Romanen und Videospielen, die der Fernsehserie vorausgehen (auch bekannt als Aligned Continuity). Prime begann mit einer fünfteiligen Miniserie mit dem Titel "Darkness Rising", die dazu diente, die Hauptfiguren vorzustellen und eine Hintergrundgeschichte über die Transformers und ihren Krieg zu liefern.