Die Geheime Gesellschaft der wunderlichen Kinder folgt vier begabten Waisenkindern, die von einem exzentrischen Wohltäter für eine geheime Mission rekrutiert werden. Unter falscher Identität an einem Internat namens "Das Institut" eingeschleust, müssen sie eine finstere Verschwörung mit globalen Auswirkungen vereiteln und dabei eine neue Art von Familie gründen.