Am ersten Tag der Oberschule stellt sich ein wunderschönes Mädchen namens Haruhi Suzumiya vor und erklärt, dass sie "kein Interesse an gewöhnlichen Menschen" hat. Sie bittet alle Aliens, Zeitreisenden, Sliders oder Esper, sich ihr anzuschließen. Kyon, ein Junge, der vor Haruhi sitzt und der einzige ist, der mit ihr spricht, beobachtet ihr seltsames Verhalten. Als Kyon Haruhis Beitritt zu jedem Club der Schule und dessen anschließendes Verlassen kommentiert, gibt er Haruhi unwissentlich eine Idee, ihren eigenen Nachmittagsklub zu gründen. Danach finden sich Kyon und mehrere andere buchstäblich in Haruhi Suzumiya's Brigade zur Rettung unserer Welt durch Überladung mit Spaß (kurz: die S.O.S.-Brigade) wieder.