Shōgun spielt im Japan des Jahres 1600, am Vorabend eines jahrhundertprägenden Bürgerkriegs. Lord Yoshii Toranaga kämpft ums Überleben, während sich seine Feinde im Regentschaftsrat gegen ihn verbünden, als ein mysteriöses europäisches Schiff in einem nahegelegenen Fischerdorf gestrandet aufgefunden wird.