Prime Target begleitet Edward Brooks, einen brillanten jungen Mathematik-Postgraduierten, der kurz vor einem bahnbrechenden Durchbruch steht. Wenn es ihm gelingt, ein Muster in Primzahlen zu finden, hält er den Schlüssel zu jedem Computer der Welt in Händen. Schon bald erkennt er, dass ein unsichtbarer Feind versucht, seine Idee zu zerstören, bevor sie überhaupt geboren ist, was ihn in die Umlaufbahn von Taylah Sanders bringt, einer NSA-Agentin, die beauftragt wurde, das Verhalten des Mathematikers zu beobachten und zu melden. Gemeinsam beginnen sie, die beunruhigende Verschwörung aufzudecken, deren Zentrum Edward bildet.