Messiah beleuchtet die Grenzen zwischen Religion, Glauben und Politik. Die Serie schildert die Reaktion der modernen Welt auf einen Mann, der im Nahen Osten auftaucht und eine Welle von Anhängern um sich schart, die behaupten, er sei der Messias. Ist er von Gott gesandt oder ein gefährlicher Betrüger, der darauf aus ist, die geopolitische Ordnung der Welt zu zerschlagen? Die Geschichte entfaltet sich aus verschiedenen Blickwinkeln, darunter eine junge CIA-Agentin, ein israelischer Shin-Bet-Offizier, ein lateinamerikanischer Prediger und seine texanische Tochter, ein palästinensischer Flüchtling und die Medien, unter anderem.